Mofokeng startete als Autodidakt, fotografierte Menschen auf der Straße, Familienmitglieder und Freunde. Er erlernte das Handwerk bei dem Fotografen David Goldblatt und als Laborassistent einer Tageszeitung. Seine eindrücklichen Fotoreportagen von Landschaften und Orten, die von den Geistern der Ahnen beseelt, von der Apartheid belastet und heute von internationalen Konzernen besetzt werden, wurden später in großen Zeitschriften veröffentlicht.
In Museen und Galerien hat er wiederum gezeigt, wie umsichtig er jede Zuschreibung auf eine kulturelle Rolle entzog. In "Chasing Shadows" führte er in Grüften und Höhlen hinab, wo sich in den Tagen der Apartheid Schwarze zum Gottesdienst trafen: verbotene Orte, die sich inzwischen in sorgfältig gepflegte Gedenkstätten verwandelt haben. Sie erinnern uns daran, dass es noch nicht so lange her ist, dass es ein striktes Versammlungsverbot gab, das Menschen in den Untergrund zwang. Einige Leute nutzten für die gemeinschaftliche Andacht sogar die Eisenbahnfahrt zwischen den Townships und ihrem Arbeitsort, weil sie im Zug nicht verhaftet werden konnten.
Mofokeng stellte in seinen Aufnahmen oft Werbebotschaften in den Mittelpunkt: Die Schilder überragen das alltägliche Leben der Straße, das auf den Bildern verschwommen bleibt. Auf einem riesigen Billboard funkelt ein geschliffener Diamant, "Democracy is forever" steht darunter, und in kleinerer Schrift, "10 Years Of Freedom". Schiebt die schwarze Frau dort einen Einkaufswagen voller Konsumgüter vor sich her oder ist sie eine Obdachlose, die ihre Habseligkeiten spazieren fährt?
Für sein "Black Photo Album" sammelte Mofokeng historische Porträts von 1890 bis 1950: Schwarze Paare und Familien, Kirchenmänner und Geschäftsleute präsentieren sich da mit Statussymbolen der weißen Herrschaftsklasse, sogenannte ethnologische Fotografie des späten 19. Jahrhunderts inszenieren ein Konstrukt des "edlen Wilden" mit Leopardenfellen und Jagdspeeren. Und in der "Ghost"-Serie graben Bulldozer auf Friedhöfen mit staatlicher Genehmigung nach Rohstoffen.
2013 war Mofokengs Arbeit neben der von Ai Weiwei, Romuald Karmakar und Dayanita Singh Teil des deutschen Beitrags der 55. Venedig-Biennale, einer von Susanne Gaensheimer kuratierte Gruppenausstellung, die im französischen Pavillon gezeigt wurde.