Er starb im Alter 85 Jahren nach kurzer Krankheit im mecklenburgischen Neu Frauenmark in der Nähe von Schwerin, wie sein Sohn Holger John mitteilte. Joachim John habe bis zuletzt gearbeitet.
Er galt als einer der profiliertesten bildenden Künstler Mecklenburg-Vorpommerns. 1985 erhielt er den Käthe-Kollwitz-Preis der Akademie der Künste der DDR, 1998 den Kulturpreis des Landes Mecklenburg-Vorpommern. Bekannt wurde er vor allem mit seinem zeichnerischen Werk.
John war Mitglied der Akademie der Künste Berlin. Als Sekretär der Sektion Bildende Kunst der Ost-Akademie (1991-1993) nahm er in dem vom Dramatiker Heiner Müller berufenen "Zwanziger-Gremium" aktiv am Vereinigungsprozess der beiden Akademien teil, wie die Akademie der Künste in Berlin mitteilte. Johns Schriftgut-Archiv befinde sich seit Mai 2000 in der Akademie.